如果是汇算清缴期结束后税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。其中因对方原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，企业应当按照第十四条规定提供可以证实其支出真实性的相关资料。
上述几条规定对善意取得的虚开发票所对应的成本能否税前列支予以了明确，对各类企业计算企业所得税均具有重要意义。需要注意的是，这里对证明支出的真实性所需要的材料做出了部分列举，并且明确了必备资料。企业应在交易过程中，注意留存相关资料，并且采用非现金方式支付，以防出现虚开发票时因资料欠缺而无法扣除成本。
开发项目结算计税成本以后取得的发票扣除
（一）《管理办法》出台之前，关于结算计税成本以后取得的成本发票如何扣除的规定：
1、国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知（国税发【2009】31号）第三十二条规定：“除以下几项预提（应付）费用外，计税成本均应为实际发生的成本。（一）出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%。”依据该规定，如果房地产开发企业滞后取得成本发票，同时发票不足的金额超过出包工程合同总金额的10%，那么需要调整计税成本，调增应纳税所得额。对于以后年度取得发票的，是在取得发票年度扣除，还是追溯调整到发生年度扣除，并不明确。
2、《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）规定：“六、关于以前年度发生应扣未扣支出的税务处理问题 根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税。亏损企业追补确认以前年度未在企业所得税前扣除的支出，或盈利企业经过追补确认后出现亏损的，应首先调整该项支出所属年度的亏损额，然后再按照弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税款，并按前款规定处理”。笔者认为这条规定并不适用于国税发【2009】31号第三十二条规定的情形（一）下以后年度取得发票该在何时扣除的问题，理由是在该情形下，超过10%比例的部分本来就不能在该年度扣除，不满足2012年第15号公告中所要求“按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出”。
（二）《管理办法》的规定
《管理办法》第十七条规定：“除发生本办法第十五条规定的情形外，企业以前年度应当取得而未取得发票、其他外部凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的发票、其他外部凭证或者按照本办法第十四条的规定提供可以证实其支出真实性的相关资料，相应支出可以追补至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。”
根据该规定，可以明确，对于房地产开发项目结算计税成本以后取得的成本发票可追溯扣除。以例说明：某房地产开发有限公司开发的A项目于2013年7月完工且业主当月开始办理入住手续，完工时尚有160万元出包工程价款未取得发票，但以预提成本方式把未取得发票的160万元工程成本全额计入会计成本。出包工程合同总金额为1400万元。该公司在2013年9月20日结算A项目开发产品计税成本。2014年6月取得160万元工程价款发票，那么未计入计税成本的20万元（160-140）应该计入2013年的成本中，也即追溯扣除。

 切勿错误使用《管理办法》第13条至15条筹划

根据《管理办法》第十三条、十四条、十五条的规定，对于企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证，若支出真实且已发生，可以在规定期限补开，或者提供其他资料，进行税前扣除。这是不是意味着当遇到国税发【2009】31号第三十二条规定的情形（一）中出包工程未取得全额发票时，可以先将实际支出成本进行税前扣除，绕开国税发【2009】31号文第三十二条的限制呢？

《管理办法》第十三至十五条规定的情形是企业已实际支出全部费用，但是由于对方的问题（如虚开、伪造、变造等方法开具不合规的发票、对方注销、撤销、依法被吊销、被依法认定为非正常户等）获得发票或者其他外部凭证有问题或者有困难。而国税发【2009】31号第三十二条规定的情形（一）是因为出包工程未最终办理结算而未获得全额的发票，并不是交易对方存在问题。因此，当出现出包工程因未最终办理结算而未获得全额的发票时，如果对无票成本进行全额扣除，除非能在当年度汇算清缴期结束前，或者如果是汇算清缴期结束后税务机关发现并通知之日起60日内提供发票、其他外部凭证或者要求的资料，否则，不但面临纳税调整的风险，还可能导致这些成本以后也无法追补扣除。因为根据《管理办法》的解读中规定：三、主要内容：（七）外部凭证的税务处理：2、汇算清缴期结束后的税务处理：（2）税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证，企业自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证或者按照《办法》第十四条规定凭相关资料证实支出真实性后，相应支出可以在发生年度税前扣除。否则，该支出不得在发生年度税前扣除，也不得在以后年度追补扣除。

综上，《企业所得税税前扣除凭证管理办法》始终贯穿了“放管结合、优化服务”的理念，减轻了纳税人的办税负担，同时其详细的规定有利于企业加强财务管理和内控管理，降低税收风险。并且规定了补救措施，保障了企业的合法权益。但是，企业一定要准确把握《管理办法》规定的内容，切勿片面理解而进行错误税务筹划，带来税务风险。

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