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一、关于土地增值税清算时收入确认的问题
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
解读：《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）以及《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）规定纳税人下列情形之一的，应进行土地增值税的清算：1、房地产开发项目全部竣工、完成销售的；2、整体转让未竣工决算房地产开发项目的；3、直接转让土地使用权的。纳税人符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1、已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2、取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；3、纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4、省税务机关规定的其他情况。
纳税人具备以上条件，无论是主动清算还是被动清算，都要首先面临一个问题，就是如何确定收入总额。根据国税函[2010]220号具体可归纳为以下两种情况。
1、开发项目销售完毕且已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入
开发产品销售收入若会计处理均通过“预收账款”科目核算，则“预收账款”各年度该项目累计发生额即为收入总额。此种情况下，商品房确权面积已经完成，确权面积结算价款已经确认，最终结算发票已经全部开具，依据发票所载金额确认土地增值税收入是成立的，某些省市规定开发商只要销售收款就必须开具发票，比如天津市。所以发票所载金额能够准确反映出商品房销售收入。这种情况下清算时要注意复核编制的项目签约销售清单、确认面积结算单、销售发票或销售收据是否一致，相互勾稽关系是否成立。
此外，未在“预收账款”科目核算的属于转让房地产的全部价款及有关的经济收益的收费项目也应当计入收入总额。对于开发商在项目开发过程中代收费用是否计入收入总额缴纳土地增值税，要注意财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》[1995]48号文件中规定：“对于县级及县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，如果代收费用是计入房价中向购买方一并收取的，可做为转让房地产所取得的收入计税；如果代收费用未计入房价中，而是在房价之外单独收取的，可以不作为转让房地产的收入。对于代收费用作为转让收入计税的，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数；对于代收费用未作为转让房地产的收入计税的，在计算增值额时不允许扣除代收费用”。因此，若房地产开发企业不是按照县级以上人民政府的规定要求代收的费用，则也要作为开发产品的收入总额征税。财务处理计入“其他应付款”科目核算，可能导致销售合同清单、销售发票清单与会计科目“预收账款”收入总额不相一致。所以清算时对于销售收入总额要分析填列。
国税发[2006]187号规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。所以销售收入总额还要首先分期确定，然后分类确定。
2、未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
并不是所有省市均要求开发商收款就要开具发票，甚至以前年度尚未清算的老项目也存在一定程度的欠开发票现象，仅依据发票所载金额不能如实反映开发产品销售总额，特别是开发产品已售未收款在财务账目也没有反映的情况下，哪么清算所依据的第二重要资料就是交易双方签订的销售合同，按照合同所载的售房金额及其他收益确认收入也是成立的。但这种方式不能保证清算时是否已将全部销售合同如实包括，不能确认是否全部销售合同均属备案有效。无论纳税人还是主管税务机关，对于开发项目的开发楼栋、开发套数、规划面积、预售面积、确权面积等基本数据要进行逐一复核，印证相互勾稽关系。
开发项目开始清算，按照开发商编制的项目销售合同签约明细表确认收入，若没有考虑已经按照实际确权面积进行结算的补、退房款差异，仍会存在误差。
《商品房销售管理办法》规定，商品房销售可以按套（单元）计价，也可以按套内建筑面积或者建筑面积计价。按套（单元）计价的房屋，误差范围在合同约定的范围之内一般不会产生补、退房款。按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（1）面积误差比绝对值在3%以内（含3%）的，据实结算房价款；（2）面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起30日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内（含3%）部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。
面积误差比＝（产权登记面积－合同约定面积）/合同约定面积×100%
当面积误差比绝对值超过3%时，房地产企业有可能支付客户退房的房价款利息以及承担超出3%部分的房价款，还有可能双倍返还客户绝对值超出3%部分的房价款。
支付给客户退房款以及双倍返还客户绝对值超出3%部分的房价款房地产企业可以冲减其销售收入。
确权面积结算差异是客观存在的，补、退房款是正常的，不过实务中一般都能控制在3%以内。但结算资料要保存完整，以备核查。
二、房地产开发企业未支付的质量保证金，其扣除项目金额的确定问题
房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
解读：土地增值税清算与企业所得税汇算清缴明显的区别之一就是土地增值税较为强势，不考虑企业开发项目的预提成本，开发商工程竣工验收后，应付未付工程款实务中普遍存在，诉讼公堂时有发生，不仅仅是工程质量保证金，大量欠款存在也必然导致施工方拒绝开具发票。开具发票，清算可以扣除且可以加计扣除20%，未开具发票，则不得计算扣除。本规定对于开发商土地增值税清算影响甚巨。企业所得税处理中允许当期预提成本不超过建造合同总额10%的可以扣除，且即便本期未扣，以后实际发生时仍然允许扣除。而土地增值税一旦清算完毕，以后实际支付工程款索取发票再想追加清算怕是难上加难。
要改变这一困境，开发商应尽可能让利于建筑承包商，即便先支付部分税金也可，索取全部发票入账，方可无清算之忧。
三、房地产开发费用的扣除问题
（一）财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
（二）凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。
（三）房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条（一）、（二）项所述两种办法。
（四）土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
解读：第三条（一）、（二）的规定与《土地增值税暂行条例实施细则》规定一致，细则第七条三款规定：财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额，其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项法规计算的金额之和的5%以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项法规计算的金额之和的10%以内计算扣除。
新增内容有如下变化：
开发商开发成本或者财务费用中，均未有利息支出，全部使用自由资金，或者是一些民间借贷资金不方便入账，那么利息支出的扣除可以适用“全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除”的规定。该规定相当于对于某些省市强调的没有利息支出，仅允许扣除开发费用5%的规定做了纠正。
开发商既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条（一）、（二）项所述两种办法。但实际上一般还是选择第二种方法，除非其他借款利息较少，金融机构借款利息支出远远高于5%。
开发成本会计科目设置一般将项目开发资本化利息支出计入“开发间接费用”核算，土地增值税清算时，此部分利息支出应先调减开发成本，而后与财务费用中利息支出加总，再适用上述的计算办法。
例如某项目取得土地使用权成本为2000万元，开发成本1000万元，其中开发成本——开发间接费用中利息支出20万元，财务费用——利息支出10万元，则计入土地增值税扣除项目的开发成本为1000-20=980万元，按照第一种方式计算可扣除开发费用（20+10）+（2000+1000-20）×5%=179万元。按照第二种方式计算可扣除开发费用（2000+1000-20）×10%=298万元。
四、房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费的扣除问题
房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
解读：根据国土资源部令[1999]第5号《闲置土地处置办法》第二条规定，闲置土地是指土地使用者依法取得土地使用权后，未经原批准用地的人民政府同意，超过规定的期限未动工开发建设的建设用地。
具有下列情形之一的，可以认定为闲置土地：（一）国有土地有偿使用合同或者建设用地批准书未规定动工开发建设日期，自国有土地有偿使用合同生效或者土地行政主管部门建设用地批准书颁发之日起满1年未动工开发建设的；（二）已动工开发建设但开发建设的面积占应动工开发建设总面积不足三分之一或者己投资额占总投资额不足25%且未经批准中止开发建设连续满1年的；（三）法律、行政法规规定的其他情形。
对于在城市规划区范围内，以出让等有偿使用方式取得土地使用权进行房地产开发的闲置土地，超过出让合同约定的动工开发日期满1年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费；满2年未动工开发时，可以无偿收回土地使用权。目前各地方政府均规定有具体的实施办法。收取土地闲置费旨在打消开发商囤地或捂盘而想获得额外收益的意图，从而遏制房价上涨。
土地闲置费征收比率较大，例如《珠海市国有土地闲置费征收实施办法》规定，土地闲置费根据土地性质按照不同类别比例收取，其中，逾期不开发的住宅用地征收土地闲置费为合同地价或者基准地价的8%，逾期不开发的港口、码头、陆路交通运输站场、工业、仓储等工业用地按原合同地价的20%征收土地闲置费。
地价不断上涨的今天，动辄每亩上百万元、上千万元的地价款，若征收土地闲置费，绝对额也会很大，势必将直接影响开发商的税收利益。
《财政部关于企业房地产开发与交易若干财务处理问题的通知》（财基字[1995]938号）（此文件已废止）规定，以出让方式取得土地使用权的企业，因超过出让合同约定的动工开发日期，按规定缴纳的土地闲置费，或因满二年未动工开发，被政府有关部门无偿收回土地使用权而造成的损失，企业可计入当期管理费用。
若企业计入管理费用，按照土地增值税清算规定，肯定是不能扣除的。这也与后来的国税发[2006]31号文、国税发[2009]31号文有冲突之处。
国税发[2006]31号规定，房地产开发企业以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的，必须按照土地使用权出让合同约定的土地用途、动工开发期限开发土地。因超过出让合同约定的动工开发日期而缴纳的土地闲置费，计入成本对象的施工成本；因国家无偿收回土地使用权而形成的损失，可作为财产损失按规定进行扣除。
国家税务总局《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）文发布后，国税发[2006]31号即失效。但国税发[2009]31号对于闲置土地费处理基本继承了原来文件精神。国税发[2009]31号第二十二条规定，企业因国家无偿收回土地使用权而形成的损失，可作为财产损失按有关规定在税前扣除。第二十七条开发产品计税成本支出——土地征用费及拆迁补偿费指为取得土地开发使用权（或开发权）而发生的各项费用，主要包括土地买价或出让金、大市政配套费、契税、耕地占用税、土地使用费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交补交的地价及相关税费、拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等。
据以上规定，按照税务处理，土地闲置费计入开发成本，收回土地造成的损失可作为财产损失企业所得税前扣除。国税函[2010]220号这次明确土地闲置费不得土地增值税税前扣除。这又成为房地产企业所得税与土地增值税的一大区别。
五、房地产开发企业取得土地使用权时支付的契税的扣除问题
房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
解读：土地增值税暂行条例规定，取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一法规缴纳的有关费用。国税发[2009]91号文的附件清算表样“取得土地使用权所支付的金额”列举了以下内容：支付土地价款支付情况包括支付的土地出让金、支付地价款金额、交纳的有关税费。支付土地征用费用情况包括土地征用费用、耕地占用税、劳动力安置费、安置动迁用房支出、拆迁补偿款等。虽然没有明确契税是否有关税费。但是土地出让要缴纳的税金除耕地占用税外主要就是契税了。有人认为契税不能列为扣除项目扣除，这次国税函[2010]220号给予了彻底明确。
六、关于拆迁安置土地增值税计算问题
（一）房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
（二）开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
（三）货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
解读：国税发[2006]187号第三条第（一）款规定，房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：1、按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；2、由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
国税发[2009]31号第三十一条对于企业所得税的处理规定，企业以非货币交易方式取得土地使用权的，接受投资的企业在接受土地使用权时暂不确认其成本，待首次分出开发产品时，再按应分出开发产品（包括首次分出的和以后应分出的）的市场公允价值和土地使用权转移过程中应支付的相关税费计算确认该项土地使用权的成本。如涉及补价，土地使用权的取得成本还应加上应支付的补价款或减除应收到的补价款。
拆迁补偿涉及产权调换，包括货币补偿、房屋实务补偿，货币和实物补偿相结合三种方式，货币补偿相对简单；房屋补偿按照拆一换一不涉及货币补偿或收取差价的，可以直接按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定收入和拆迁补偿费；货币补偿与实务补偿相结合，拆迁100平方米，补偿100平方米或是1套新房，若额外开发商还要收取结构价差，此结构差价款作为土地成本冲回。若房地产开发企业支付给回迁户的补差价，相当于住房+货币购入土地，也要调整土地成本。
土地增值税与企业所得税处理原则是一致的，但最后计算效果还是有差别的。例如“拆一还一”100平方米，市场价值50万元，收入50万元，拆迁补偿成本也是50万元，暂不考虑流转税金，企业所得税处理50-50=0。土地增值税处理50-50-50×20%=-10万元。所以拆迁补偿能起到有效的抵免土地增值税的作用。
七、关于转让旧房准予扣除项目的加计问题
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条第一款规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
解读：国税函[2010]220号对于财税[2006]21号给出了具体的计算方式，那就是不按公历年度计算，算实际天数，最后一年不满12个月，但超过6个月，视同一年计算。
对于转让旧房的土地增值税政策，还有近期发布的财税[2010]42号文《关于城市和国有工矿棚户区改造项目有关税收优惠政策的通知》，该通知规定，企事业单位、社会团体以及其他组织转让旧房作为改造安置住房房源且增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。且没有再强调是否为普通住宅。
八、土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题
纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
解读：那么纳税人就要注意主管税务机关给出的规定期限是多长了。清算补缴税款不纳滞纳金，并不表示预征税款没有滞纳金，例如某省省土地增值税的征收管理规定“对从事房地产开发的纳税人，在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入（包括预售房收入），按规定预征率预征土地增值税，并按房地产所在地主管地方税务机关确定的申报期限，于月末或季末终了后10日内，缴纳土地增值税。对未按预征规定期限缴纳税款的，根据《税收征管法》及其《实施细则》的有关规定，从限定的缴纳税款期限届满之次日起，加收滞纳金。”这也需要纳税人注意。
